我认为百度的数据库分为两种（或许还更多），一种是正常的集合参与排名的网站，一种的集合被降权的网站，我认为我的站被降权了，放到了第二个数据库 中了，爬虫虽然来抓取，但回去后发现是降权中的网站直接过滤，导致索引一直为0，但是site为什么会有600多数据呢？至今不解大多数都是索引比 site数据多?

按百度的说法，以百度统计或者百度站长平台提供的索引量为准。如过索引量是0，site结果却很多，估计是没来得及删呢，恭喜楼主。当然，也可能是百度数据库或者工具出现了问题。以前曾经有过这种情况，官方也做了说明。
是不是关乎医疗网站这个还真不是很清楚，个人所涉及医疗站经验为0.拿一个我操过的企业站的案例来说一下吧。

当时为了增加收录，做了一件蠢事，用采集的方式来填充内容，刚开始的时候效果很好，收录和长尾带来的流量有 很明显的增长，一个月后，排名大幅度下跌，收录几乎掉光了，只剩下十个不到。于是我做了一个和你一样的操作：清空采集数据，重新做伪原创（手工改写的幅度 超过80%），每天三篇，大约一个月后，收录逐渐增加（当时百度统计尚未推出索引工具），差不多两个月左右，收录恢复正常，排名恢复正常。

所以，后来我做维护，基本不走偏锋，一是怕了，二是因为基本是企业站，不图一时之利。医疗行业，除了国营的以外，民营医疗站，如果不抓住用户体验度，减少网站的跳出率，恐怕很难有好的排名，就是有排名也是一时的。
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